智能医学工程学学系（原生物医学信息学学系）成立于2011年，现下设数学、计算机、智能感知与大数据处理和信息技术4个教研室。学系现有专职教师24人，其中教授3人，副教授10人，全部具有博士学位。

数学教研室负责全校各专业数学类公共基础课的教学，课程包括高等数学、线性代数、概率论与数理统计等，年均1200学时。计算机教研室负责全校各专业人工智能通识课及其他面向全校研究生、本专科生及成人教育学生的计算机类基础课的教学，年均1400学时。智能感知与大数据处理教研室负责智能医学工程专业建设，负责专业基础课和专业课教学，年均800学时。信息技术教研室负责信息技术类选修课教学，负责部分信息技术类公共基础课的实践课教学。

此外，学系承担了本科生毕业设计、数学竞赛、第二课堂、科研创新活动、长学制基础科研训练等带教工作。指导2篇北京市优秀本科毕业论文，曾获得全国数学建模竞赛一等奖、二等奖，北京赛区一、二等奖多项，获得美国大学生数学建模竞赛一等奖、二等奖。学系积极开展教育教学研究与实践及教材建设，1门课程获批教育部“拓金计划”示范课，作为主编/副主编出版国家规划教材及其他协编教材20余部。学系获得多项学校教学成果奖、优秀教材奖，多名教师获得首都医科大学教学奖。

科学研究方面，学系共有三个学科研究方向，包括生物医学信号检测技术与自动化装置研究（学术带头人：谷宇教授）、医学人工智能研究（学术带头人：陈卉教授）、视频编码与图像处理研究（学术带头人：张楠教授），有研究生导师13名，在读研究生29名。近5年来学系主持国家重点研发计划专项、国家级、省部级科研课题20余项，到账科研经费约3400万元。发表科研论文100余篇，其中被SCI/EI收录论文50余篇，获国家发明专利5项。目前在研课题包括国家重点研发计划专项“听障患者数字视听服务体系构建研究”，国家自然科学基金项目“针对中等尺寸分子空气污染物监测的金属-有机骨架基传感器及其气敏性能研究”、“基于知识引导下多模态融合的脑血管疾病辅助诊疗建模研究”、“基于多模态数据的疾病预测与饮食推荐模型研究”、“模型错误情况下种间基因流的推断问题研究”、“少样本场景下面向多模态眼底数据域偏移的增量学习方法研究”，北京市自然科学基金重点项目“基于柔性植入式多模态传感和调控器件的神经系统疑难疾病智能诊疗研究”，北京市自然科学基金面上项目“知识图谱和多视图信息协同增强的多模态患者图表示及其应用研究”、“手术导航系统中术前与术中低重叠率点云配准研究”、“面向多中心临床大数据的肺炎时序知识图谱构建及诊疗预测模型研究”。